根据《卫生部关于开展乙肝等有关疾病血清学调查工作的通知》（卫疾控发〔2006〕353号）文件要求，各地卫生行政部门积极组织，疾病预防控制中心发挥技术指导作用，在各级政府及相关部门的大力配合下，全国从9月中旬开始调查工作，通过疾病控制机构全体工作人员的共同努力，截至2006年10月8日，已有30个省经完成了现场调查和采血工作，有14个省已经将血标本送达中国疾病预防控制中心病毒病所，其中8省将调查数据库上报了中国疾病预防控制中心免疫规划中心。
在调查工作开始前，中国疾控中心为各省印发了充足的调查用“工作手册”和相关调查表；为所有调查点配备了调查所需的负压采血管（95300套）、冻存管（215500支）和冻存盒（1878个）等器材；为保证实验室检测结果和流调数据的一致，中国疾病预防控制中心为所有调查点配发了“条形识别码”（87239份）。
为了解各省工作进展，及时发现问题并协助解决，中国疾病预防控制中心从9月19日起共派出了三批14名人员分赴14个省（自治区、直辖市）进行督导和现场工作指导。督导发现，各省省份均能按卫生部要求精心组织安排，积极宣传动员，严格按照方案的要求抽样，现场调查工作有条不紊，流行病学调查和采血质量均符合要求，并能结合当地实际情况，在现场采取各种有效的措施以保证调查工作的顺利进行，但也有个别地区调查对象不配合，未被抽取群众不理解，部分地区技术操作不规范等问题。据了解，各省卫生行政部门或/和疾控部门均安排了督导组对辖区内所有调查点进行了督导工作。

中国疾病预防控制中心已经组织专家完成了对检测用试剂的评议，确定利用厦门创新的HBsAg、抗－ HBs、 HBeAg及抗－HBe试剂和科华生产的抗－HBc为本次检测试剂。
截至10月8日，已有30个省份（上海除外）完成现场调查、采样和数据录入工作；14个省份（海南、青海、安徽、江苏、四川、黑龙江、内蒙古、广西、天津、宁夏、山东、江西、新疆、辽宁）已经将血清学标本送至中国疾病预防控制中心，其中8个省份已将数据库上报。